Kỳ vọng thương mại cho Anno 1503 rất cao, vì tiền thân của nó, Anno 1602, là thành công lớn nhất từ ​​trước đến nay của thị trường Đức vào năm 2002. Các nhà bán lẻ đã mua trước 450.000 bản game trước ngày ra mắt,[9] và nó đã trở thành một điểm nhấn "thống trị" các bảng xếp hạng ở các nước nói tiếng Đức trong những tháng đầu tiên phát hành, theo 4players.[10] Nó xuất hiện ở vị trí số 1 trên bảng xếp hạng doanh số trò chơi máy tính hàng tuần của GfK dành cho thị trường Đức,[11] sau khi phát hành tựa game vào ngày 25 tháng 10.[1] Anno 1503 đã tiến hành khẳng định vị trí đầu tiên trên bảng xếp hạng Media Control của công ty Đức trong cả tháng,[12] sau khi đạt doanh số nội địa 115.000 bản trong ba ngày đầu tiên.[1][13] Tim Pototzki của GamesMarkt đã viết rằng hiệu suất ban đầu của trò chơi "làm kinh ngạc" nước Đức.[13] Verband der Unterhaltungssoftware Deutschland (VUD) đã sớm trao danh hiệu "Vàng" cho trò chơi, cho thấy doanh số của ít nhất 100.000 đơn vị trên khắp Đức, Thụy Sĩ và Áo.[14] Anno 1503 đã hoàn thành bảy ngày đầu tiên với tổng doanh số 160.000 bản tại thị trường Đức,[15] và tiếp tục giữ vị trí số 1 trên bảng xếp hạng của GfK trong tuần thứ hai và thứ ba.[16][17]

Vào ngày 15 tháng 11, Sunflowers tiết lộ rằng doanh số Anno 1503 ở khu vực Đức đã vượt qua 200.000 bản trong hai tuần rưỡi,[18] và VUD đã trao chứng nhận "Platinum" cho game để phản ánh sự tăng trưởng đó.[14][19] Trò chơi đã bị đánh bại ở vị trí thứ hai trên bảng xếp hạng của GfK bởi Age of Mythology và Harry Potter and the Chamber of Secrets trong tuần thứ tư và thứ năm,[20][21] nhưng nó giữ vị trí số 1 trên bảng xếp hạng của Media Control cho toàn bộ tháng 11.[12] Đầu tháng 12, Sunflowers đã công bố chiến dịch quảng cáo truyền hình trị giá 1,4 triệu euro cho Anno trong hai tuần cuối năm 2002, trong nỗ lực thúc đẩy doanh số bán hàng hơn nữa.[22] Đến ngày 17, trò chơi đã bán được 300.000 bản tại thị trường nói tiếng Đức và trở thành tựa game bán chạy nhất năm 2002.[23][24][25] Anno 1503 sau đó duy trì vị trí đầu tiên trên bảng xếp hạng của GfK trong ba tuần cuối năm,[26][27][28] đang hồi phục từ mức giảm xuống thứ tư trong tuần thứ bảy lên kệ.[29] Media Control đặt tên cho nó là trò chơi máy tính số 1 của tháng 12.[30]

Anno 1503 tiếp tục bán vào năm 2003. GfK đã xếp nó ở vị trí 1 trong hai tuần đầu tiên của tháng 1,[31][32] và nó đã đạt 360.000 bản được bán ra tại thị trường Đức vào ngày 20. Vào thời điểm đó, 4players đã đưa tin rằng doanh số của trò chơi trong 10 tuần đầu tiên của nó cao hơn 3/4 so với Anno 1602 cùng thời kỳ.[10] Lượng bán ra tại thị trường Đức đã tăng lên 420.000 bản vào giữa tháng 2 và 450.000 bản vào đầu tháng 3.[33][34] Trên bảng xếp hạng hàng tháng của Media Control, trò chơi vẫn đứng vững vị trí thứ thứ năm cho tháng 2,[35] sau đó được xếp vào top 14 trong bốn tháng nữa.[35][36][37] Nó đã duy trì một chuỗi không bị gián đoạn trong top 30 của Media Control vào tháng 9.[38] Trùng với mùa mua sắm năm 2003 và phát hành bản mở rộng Treasures, Monsters, and Pirates, Sunflowers đã giảm giá Anno 1503 xuống còn 29 euro vào tháng 10.[39] Sau đó, nó đã tăng lên vị trí thứ bảy và thứ chín trên bảng xếp hạng của Media Control cho tháng 11 và tháng 12.[40]

Vào tháng 1 năm 2004, VUD đã trao tặng cho Anno 1503 một "Giải thưởng Đặc biệt" cho doanh số trên 500.000 chiếc tại thị trường nói tiếng Đức. Vào thời điểm đó, nó là tựa game máy tính trọn giá nhanh nhất đạt được cột mốc này trong khu vực, một kỷ lục trước đây do Anno 1602 nắm giữ.[41] Media Control xếp thứ 2 cho tháng 1 và thứ 4 cho tháng 2,[42] và nó được xếp hạng trong top 20 và top 30 trong suốt tháng 4, tháng 5, tháng 6 và tháng 7.[43][44] Doanh số trên toàn thế giới của Anno 1503 đã vượt qua 800.000 bản vào tháng 8,[45] khi hoàn thành thứ 14 trong danh sách của Media Control cho thị trường Đức.[46] Nó tiếp tục bán lẻ ở Đức với mức giá trung bình 29 euro vào thời điểm đó, mà Jörg Langer của GameStar đã viết là "bất thường gần hai năm sau khi phát hành — hầu hết các game đều dịch chuyển góc ngân sách sau nửa năm và sau hai năm để mặc cả từng đồng xu cắc bạc."[45] Trò chơi vẫn nằm trong bảng xếp hạng doanh số của Đức vào năm 2006,[47][48] tại thời điểm đó nó đã bán được hơn 2 triệu bản trên toàn thế giới và 750.000 bản ở các nước nói tiếng Đức.[49] Theo GamesMarkt, Anno 1503 cuối cùng đã bán được hơn một triệu bản game chỉ riêng tại thị trường Đức.[50]